O circuito de Fuji nasceu de um plano de criar um campeonato japonês de stock car no estilo da Nascar, no começo dos anos 1960. O novo circuito seria construído ao pé do famoso cartão postal japonês, o monte Fuji, e teria um formato oval. A pista também seria usada como local de testes para as demais montadoras japonesas, já que o circuito de Suzuka era a casa da Honda.
Tendo Daytona como inspiração, a construção do traçado oval começou em 1964, mas quando o primeiro banking ficou pronto, o piloto Stirling Moss, que estava no país, visitou as obras e desaprovou o traçado proposto, já que a região era muito montanhosa para se construir uma pista desse tipo. O projeto acabou abandonado, mas por falta de dinheiro para completar a obra.
A Mitsubishi acabou comprando o projeto em 1965 e completou as obras do circuito, que depois de revisado, não seria mais um oval como inicialmente planejado, apesar dos 5,999 km do novo traçado ainda serem considerados muito rápidos. A mudança de desenho da pista também fez com que o contrato com a Japan Nascar, empresa criada em 1963 justamente para promover essa categoria no país, fosse cancelado.
O maior problema estava no contorno do banking que sobreviveu. No final da reta principal, tinha uma pequena elevação que deixava os pilotos sem muita visão do que viria a seguir. Vindo em alta velocidade, assim que era passada essa elevação, os pilotos já se deparavam com o banking. A barreira de proteção colocada no topo da curva nem sempre era suficiente para evitar uma queda lá de cima ou acidente mais grave.
Apesar de ter sido inaugurado em dezembro de 1965, as corridas só passaram a acontecer no ano seguinte, com alguns convidados ilustres. Jim Clark veio só para participar de uma corrida de Fórmula 3. A USAC Indycar também fez uma corrida de exibição no circuito em outubro de 1966, que teve a vitória de Jackie Stewart e a Can-Am correu no sentido anti-horário em 1968 para minimizar os riscos no banking.
A parte do banking teve muitos acidentes em seus primeiros anos e em 1974, os pilotos Hiroshi Kazato e Seiichi Suzuki faleceram em uma acidente naquele ponto da pista, que também feriu outras seis pessoas.
O traçado acabou passando por uma reforma, adicionando um hairpin ao final da reta principal e criando um atalho para que os carros não passassem mais pelo banking, que nunca mais foi utilizado. Com isso, a pista passou a ter 4,360 km.
Em 1976, Fuji conseguiu tirar o GP do Japão das mãos de Suzuka e no dia 24 de outubro, foi palco de uma corrida que decidiu o campeonato. Foi nesse ano que Niki Lauda sofreu o acidente em Nürburgring, que o deixaria desfigurado e que faria o piloto austríaco perder algumas corridas na temporada. Enquanto isso, James Hunt se aproximava do rival e os dois chegaram ao circuito japonês separados por 3 pontos a favor de Lauda. A corrida em Fuji fecharia a temporada e decidiria o campeão daquele ano.
Uma chuva torrencial, que veio acompanhada de uma neblina, adiou o início da corrida, que no final, acabou acontecendo mesmo com as condições longe do ideal. Preferindo não correr riscos, Lauda se retirou da corrida depois da primeira volta e o título ficou nas mãos de Hunt.
No ano seguinte, a corrida foi marcada por uma tragédia, quando Gilles Villeneuve se chocou contra o carro de Ronnie Peterson e acabou acertando um grupo de fiscais e fotógrafos que estavam em uma área restrita, matando dois deles. Esse foi o último ano em que a F1 correria no circuito, que voltou a disputar suas provas em Suzuka.
Essas duas corridas em Fuji contaram com as únicas participações da equipe japonesa Kojima na F1. Em 1976, Masahiro Hasemi conquistou o 11º lugar e Kazuyoshi Hoshino alcançou o mesmo resultado na corrida do ano seguinte. Outra equipe nacional, a Maki, ainda tentou participar da primeira corrida, mas não conseguiu se classificar. Apesar de receber a WEC nos anos 1980, a maioria dos eventos eram corridas de campeonatos nacionais. Uma coisa que não mudou foi o perigo da pista. Ultrapassado, o traçado de Fuji se mostrou fatal em várias ocasiões, inclusive levando a vida de Toru Takahashi, uma das promessas do automobilismo japonês em 1983.
Depois desse acidente, uma chicane foi adicionada antes da curva final, local do acidente de Takahashi. Novas reformas no traçado foram feitas nos anos seguintes, como na primeira curva, que ganhou uma forma mais quadrada em 1986 e a curva Suntory ganhou uma chicane no ano seguinte.
Já a motovelocidade enterrou de vez o bank, ao instalar uma área de escape com brita na curva 1.
Mesmo com todas as reformas, o circuito continuava perigoso, também por parte da organização. Um bom exemplo foi o acidente do piloto Tetsuya Ota, em uma etapa da JGTC em 1988. Sob uma forte chuva, a corrida começou atrás do Safety Car, que passou pela reta a 150 km/h ao invés dos 60 km/h habituais. Quando o carro de segurança desacelerou repentinamente, os carros que vinham atrás frearam bruscamente e começaram a aquaplanar e a bater uns nos outros. Depois da batida, o Porsche de Tomohiko Sunako acabou indo para a grama. Também aquaplanando, Ota acertou o Porsche e os dois carros explodiram. Sunako ainda conseguiu sair do carro, mesmo com uma perna quebrada, mas Ota não teve a mesma sorte e ficou preso no carro, sendo salvo pelo piloto Shinichi Yamaji, que pegou um extintor e apagou o fogo da Ferrari de Ota, enquanto que os fiscais levaram 90 segundos para chegar ao local. E ao invés de o colocarem em uma ambulância, o piloto foi transportado em um carro de apoio para o hospital.
Ota sofreu queimaduras sérias, principalmente no rosto, já que sua viseira derreteu e acabou se colando em sua face. Por conta disso, Ota sofreu lesões sérias no nariz e teve que fazer diversas cirurgias de reconstrução, além de sofrer diversas lesões no braço direito, que sem recuperação, acabaram encerrando sua carreira no automobilismo profissional. O piloto processou os organizadores e o circuito, vencendo a ação.
Em outubro de 2000, a Toyota Motor Corporation comprou o circuito da Mitsubishi e chamou Hermann Tilke para desenvolver uma pista nos padrões da F1. O circuito foi fechado para reforma em 2003 e ficou assim até 2005, quando foi reaberto com um traçado que ainda lembrava o original, mas com mais curvas sendo adicionadas ao final da pista, que passou a ter 5,459 km de extensão. Uma parte da área do banking ainda foi preservada como parte da história do circuito.
A empreitada deu certo e no dia 30 de setembro de 2007, o GP do Japão foi realizado em Fuji. Mas como sempre acontece nessa época do ano, o clima não colaborou com a corrida e uma chuva torrencial causou vários atrasos. A corrida foi vencida por Lewis Hamilton, com os finlandeses Heikki Kovalainen e Kimi Raikkonen completando o pódio.
A corrida não foi boa para as três equipes da casa. A Honda se saiu melhor, com Barrichello e Button chegando em 10º e 11º, respectivamente. A Super Aguri conseguiu a 15º e última colocação com Takuma Sato, que bateu a duas voltas para o fim, mas ainda sim foi considerado na lista de pilotos que completaram a prova, com Anthony Davidson abandonando na volta 54. Já a Toyota, dona do circuito, também fez feio diante da torcida, com Jarno Trulli terminando em 13º e Ralf Schumacher abandonando na volta 55.
A F1 ainda voltaria ao circuito no dia 12 de outubro de 2008, novamente com condições climáticas desfavoráveis. Fernando Alonso subiu no degrau mais alto do pódio, junto com Robert Kubica e Kimi Raikkonen. Dessa vez a Toyota se saiu melhor e conseguiu um 5º lugar com Trulli.
Com uma média de público baixa, a FOM decidiu que Fuji deveria revezar com Suzuka a realização da prova. Suzuka acabou recebendo o GP do Japão de 2009, porém uma crise global afetou a Toyota, que desistiu de sediar a corrida em seu circuito. Mais uma vez, restou a Fuji abrigar corridas de campeonatos nacionais, com a WEC sendo o destaque internacional da pista.
Fuji também diversificou suas atrações e passou a receber competições de drifting, criando até uma pista para isso, apesar da pista principal também ser usada para a categoria. Uma pista mais curta também foi construída para eventos e cursos de direção.
Entre os seis pilotos japoneses que já disputaram uma corrida em Fuji, o melhor resultado é dividido entre Noritake Takahara, que com a equipe Surtees, chegou em 9º no GP do Japão de 1976, mesmo resultado de Kunimitsu Takahashi na prova de 1977, correndo pela Tyrrell.
A F1 só disputou quatro corridas em Fuji, com quatro vencedores diferentes. Mario Andretti e James Hunt venceram na configuração antiga da pista, com Lewis Hamilton e Fernando Alonso saindo vencedores no novo traçado. Entre as poles, Andretti e Hamilton empatam com duas cada. Já em número de pódios, James Hunt, Patrick Depailler e Kimi Raikkonen estão empatados com dois cada.
Entre os brasileiros, Emerson Fittipaldi, Alex Ribeiro, Felipe Massa e Rubens Barrichello foram os únicos a correrem de F1 nessa pista, com Massa tendo o melhor resultado, ao chegar em 6º lugar na corrida de 2007.